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转录组Count格式数据转化为FPKM/TPM格式

2021-01-01 20:39

很多时候我们得到的转录组格式为Count,例如在TCGA数据库下载的数据,如果我们想使用FPKM格式或者TPM,那么就需要转换,不过TCGA数据库也提供了FPKM的格式,貌似miRNA数据只有Count格式数据,如果想使用FPKM,就需要进行格式转换。

1、计算基因的长度,可以计算基因在染色体的起始和结束之差,也可以计算每个基因的最长转录本或所有外显子之和:

a、计算基因在染色体的起始和结束之差需要用到R包biomaRt,安装方法如下:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("biomaRt")

b、计算每个基因的最长转录本或所有外显子之和需要用到R包GenomicFeatures,安装方法如下:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("GenomicFeatures")

2、得到基因长度的文件之后,使用R读取基因长度文件与被转换格式文件,按照下面的公式进行转换

a、Count2FPKM

count2fpkm <- function(countnum, genelen){ total <- sum(countnum) exp( log(countnum) + log(1e9) - log(genelen) - log(total) )}fpkm<- apply(count_data, 2, count2fpkm, genelen = gene_l$gene_l)fpkm_df<-data.frame(fpkm)colnames(fpkm_df)<-colnames(count_data)write.table(fpkm, "fpkm.txt", sep="\t", quote=F, row.names=T)

b、Count2TPM

n <- count_data / gene_l$gene_ltpm <- t( t(n) / colSums(n) ) * 1e6 tpm<-data.frame(tpm)write.table(tpm, "tpm.txt", sep="\t", quote=F, row.names=T)

c、FPKM2TPM

FPKM_data<-read.table("fpkm.txt",header = T,row.names = 1)fpkm2tpm <- function(fpkm){ exp(log(fpkm) - log(sum(fpkm)) + log(1e6))}tpm2 <- apply(FPKM_data,2,fpkm2tpm)write.table(tpm2,"tpm2.txt",sep="\t", quote=F, row.names=T)


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